进行公共卫生安全的保障，应遵循以下三项最基本的原则：
        1 循证公共卫生原则
        为什么需要在公共卫生安全保障体系中强调循证公共卫生理念?这是因为公共卫生安全保障事关国家安全大局，涉及社会上每个人的健康安全利益。公共卫生安全保障体系中的每个项目的确立和决策的正确与否都关系到几十万、几百万、几千万甚至数亿人口的健康安全。希波克拉底曾经说过：“事实上有两种东西：科学和看法。”科学带来知识，而看法只能带来无知。尽管在现实生活中许多决策是根据政府官员或部分专家的看法决定的，但事实上用上述方法做决策是欠缺合理性的。而用科学证据来支持体系建设的决策，指导和执行有关项目，可以提高公共卫生项目和决策的质量，避免浪费有限的公共卫生资源，预防决策失误带来的危害。
整个循证公共卫生的决策过程可分为六个阶段。第一阶段，对需要解决的公共卫生安全问题作出明确的可操作性的界定，并要注意在何种社会政治背景下，以及政府、卫生部门等利益集团的情况。第二阶段，通过文献检索了解当前的研究进展，并获取最佳证据，即检索当前最新的文献，并收集有关的专题会议讨论报告，同时收集定性的证据(软证据)。此外，还要对证据进行科学性评估(有效性、可靠性)、系统综述评价(meta分析等)、风险评估、经济学评估或专家组讨论和咨询论证，从而得到最佳证据。第三阶段，对拟解决的问题量化，如描述性研究中的健康状态指标(如期望寿命)、疾病负担指标(发病率、死亡率、daly)等，分析性研究中的or(优势比)、rr(相对危险度)、par(人群归因危险度)等，社区干预试验中的阴转率、有效率等。WwW.11665.cOm第四阶段，通过比较和评价，确定拟实施的政策或项目，即比较和评价拟实施的项目或方案，包括评价研究证据的有效性(内部有效性和外部有效性)、可靠性(或重复性)，并考虑背景因素，如政治时事、法规、经济价值、社会、人口学特征和技术水平等。第五阶段，形成项目或政策的具体方案，这里要注意可操作的项目内容、适宜的时间安排、明确的实施目的和有关指标等。第六阶段，项目或政策实施后的评价及反馈，结合定性和定量研究，可采用过程评估、目标评估、经济效益评估等多种形式。
        目前，公共卫生安全的形势不容乐观，在推行公共卫生安全战略过程中，任何不适宜的政策都可能对公共卫生危机的产生起到推波助澜的作用。公共卫生安全保障体系的建设和完善是长期、庞大的系统工程，事关全民健康、国家安全大局，绝不允许公共卫生建设中出现“豆腐渣”工程。循证公共卫生决策不但可以避免不必要的错误，还有利于提高公共卫生体系的服务水平。然而，在目前的现实生活中，公共卫生安全的保障战略往往缺乏效率，公共卫生政策制订和项目执行有时缺乏科学性与合理性。原因很多，其中很重要的一方面是因为公共卫生决策常常围绕危机、热点问题和利益集团的关注点而制定，缺乏长远的眼光。
因此，要将循证公共卫生原则作为公共卫生安全战略所应遵循的第一原则，在循证公共卫生原则的指导下，开展公共卫生安全保障的策略制定、项目安排与实施以及效果评估等。

       2 公共卫生伦理学原则
        公共卫生安全保障的过程是服务公众、服务国家安全的过程。公共服务需要规范，这些规范不仅包括法律法规，还包括公共卫生伦理。公共卫生伦理是有关在人群中促进健康、预防疾病和伤害的行动规范，对我们在人群中促进健康、预防疾病和伤害的行动起指导和规范行为的作用。公共卫生伦理和医学伦理不同。医学伦理往往强调病人个人利益，尤其是知情同意、自主选择、隐私等的重要性，并不强调伙伴关系、公民的权利和义务、社区等重要的价值。公共卫生以人群为基础的视角与医学以病人为中心的视角有所不同，公共卫生伦理不仅要关注个体利益，更重要的是关注公众利益，在某些条件下个人利益应服从于公众或集体利益。
公共卫生领域中涉及许多伦理问题，如：传染病防治、保密、对研究对象的保护，卫生保健资源的配置，遗传学，免疫政策，儿童保健与保护，供水系统安全，食品和药物安全，公共场所禁烟，精神卫生等多方面的问题。
        其中，在传染性疾病的处理上，公共卫生伦理尤其重要，譬如保密问题。对于一些法定要求报告的且具有强传染性的传染病，为了保护公众的健康，就必须及时发现传染源(病人)、隔离患病者。事实上，这泄露了个人患病的“隐私”信息，更限制了个人的行动自由。但从公共卫生伦理上讲，这种做法是合理的。因为当一种疾病有较高的传染性，并威胁着特定人群的生命健康安全时，报告上级卫生机构并及时处理是非常必要的，否则会为了保护个体的利益而伤害大多数人的利益。另外一个涉及公共卫生伦理的是干预个人自由的问题。sars暴发之后，中国广大地区对sars疑似病人和接触者采取了隔离的措施，这个策略就涉及行政干预是否妥当这么一个问题，因为在采取隔离的同时，个人的自由行动权也就受到了限制。
        3 公共卫生公平性原则
        无论从人类的发展理念出发，还是从人权角度来看，人的健康都是根本的。联合国《经济社会文化权利公约》第十二条做出了规定：健康权是“人人享有可能达到的最高标准的身体健康和精神健康的权利”。每个国家必须保证人人享有相应的健康权：减少死胎率和婴儿死亡率，并且使儿童得到健康的发育；改善环境卫生和工业卫生等各个方面；预防、治疗和控制传染病、地方病、职业病以及其他疾病；创造保证人人在患病时能得到医疗照顾的条件。健康权是与每一个人密切相关的、实实在在的人权，是人全面发展的基础。对于人群或者地域来说，健康是人群充满生机和活力，一个地方蓬勃发展的标志。
        健康权的核心内容是“任何国家的任何人都不应该生活在健康基线之下”，要求国家对国民的健康承担责任。然而一个国家的财力实际上是有限的，如果要求一切大病的救治、所有高昂的医药费用都由政府包揽，则不要说发展中国家，即使是发达国家也难以承担。健康权对于政府的要求，不是包揽所有人的健康费用支出，而是保障所有人在享受由政府卫生支出所提供的公共产品的过程中获得公平待遇。
        因此，公共卫生公平性原则是公共卫生安全保障体系的内在要求。人人都具有相同的健康权利，这便要求任何一个人、任何一个群体、任何一个民族或者种族都可以获得安全保障的同等机会。