1.家庭法院是少年非行案件的分选和指令机关
　　对于通告、报告、移送过来的少年非行案件，家庭法院的受理中心要审查案件是否为少年法院管辖；是通过非正式的方式终止案件的处理，还是移送给儿童福利机关或移送给检察院，使案件进入到刑事司法程序；或是启动正式的少年保护审判程序。
　　2.家庭法院是处理进入到少年司法保护程序中的少年非行案件的中心机构
　　发现非行少年的机关或是个人除了少年警察做一些初步的调查外，其余的机关对所发现的少年非行案件并不做任何实质性的工作，而是尽快地把案件通告、报告、移送给家庭法院，由家庭法院决定保护处理的方式。
　　3.家庭法院和普通刑事法院相比具有很强的行政、福利机构的特点
　　与其他国家少年法院相同的是日本家庭法院和普通刑事法院具有典型司法性特点不同，它具有很强的行政、福利机构的特点。它并不扮演纯粹裁判人的角色，而是更像非行少年的父母帮助非行少年找出解决少年非行问题的办法。因此，它设置了调查非行少年的调查官和审理非行案件的法官。调查官首先对于决定受理的非行案件的少年进行生活环境和身心的科学调查（身心调查主要是委托少年鉴别所进行），找出少年非行的原因，并写出书面的调查报告。之后法官在调查官调查的基础上针对少年的非行、非行倾向、少年的需要保护性开庭审理，法庭审理遵循非正式、非公开，但是保障非行少年正当法律程序权利的原则，庭审现场弥漫着家庭温暖的气氛。经过法庭审理，法官对非行少年需要保护的状况有了明晰的判断，或是做出不处分决定，或是做出保护处分决定。
　　（三）少年鉴别所
　　日本少年司法制度中引进科学主义，对非行少年进行非行原因和社会背景调查，以便做出适合非行少年的处遇。家庭法院的调查官主要是进行社会背景调查，而少年鉴别所则是对非行少年的身心进行鉴别。除了身心鉴别以外，少年鉴别所还是对非行少年实施收容观护这一审理过程中的中间措施的机关。
　　（四）保护实施阶段的机关
　　少年健康成长的理念贯穿于非行少年处遇的全过程，所以，对他们的保护和教育从非行少年的发现阶段就开始，持续经过调查审理直到最后决定的实施，即使法官做出不处分决定，也不意味着少年进行保护和教育就此停止，相关的人员、机构仍然会承续对这部分少年的保护和教育。这里所指的保护实施阶段的机关是指执行少年法官经审理后作出的保护处分决定的国家机关，即保护观察所、儿童自立支援设施与养护设施、少年院。
　　1.保护观察所
　　家庭法院判断决定对非行少年实行保护观察的保护处分由保护观察所实施。保护观察所的工作人员有作为正式职员的保护观察官和来自民间的志愿者、慈善家组成的保护司。他们利用有关罪犯更生保护的专业知识，从事保护观察、辅导援助、人格考查及其他犯罪者更生保护与犯罪预防的相关事务。
　　2。儿童自立支援设施与养护设施
　　作为保护处分之一的决定移送儿童自立支援设施和养护设施处分，是一种儿童福利处分。实施这一处分的儿童自立支援设施和养护设施是儿童福利设施。从这里也可以明显看出，日本少年司法制度的福利性质。“儿童自立支援设施收容有不良行为或有可能实施不良行为的儿童，并对其实行自立援助。养护设施收容没有保护人的儿童、被虐待的儿童及其他在环境上需要抚育的儿童，并对其实行抚育。”
　　移送少年院是最严厉的保护处分，它以收容非行少年的方式对其施以矫正教育。根据对象少年的年龄与特性，少年院有初等少年院、中等少年院、特别少年院和医疗少年院。移送少年院的处分是在剥夺非行少年自由的基础上进行矫正教育，有违背少年健康成长的宗旨之嫌，因此专家提醒，要适度使用监禁措施。
　　三、日本少年司法制度的内容
　　（一）制定专门的《少年法》，系统、全面规定了对非行少年教育、保护
　　日本和世界上许多国家一样制定了专门的少年法，少年法是融实体法与程序法为一体的法体系，其在达到保护少年健康成长目的的同时，客观上实现了预防犯罪、维护社会治安的结果，因此，同时具有保护法和类似刑事法的特色。
　　1.少年法具有保护法和类似刑事法的特色
　　《少年法》的理念是保护主义，因此，它是一部带有福利性质的行政法，即保护法。《少年法》的管辖对象是非行少年，他们之所以有非行倾向及实施非行，主要的根源和责任在于成人社会。而且，未成年人“是在试行错误走向自立、自律、成长发育的，这作为儿童固有的权利，应当得到社会的保障”。因此，《少年法》第一条明确规定了本法的目的就是为了保护少年的健康成长。当未成年人的父母无法履行监护责任的时候，国家作为最高监护人担当起这一职责。从非行少年发现的一刻开始，保护措施也就随即展开。非行少年被发现以后，家庭法院对案件通过受理程序迅速作出判断，是不做处理、责成少年的监护人严加管教？还是移交福利机构通过福利措施对少年进行保护教育？还是启动正式的审判程序？对进入审判程序的非行少年，采取相应的保护措施，如在宅观护、实验观护等措施，与此同时，家庭法院的调查官开始对非行少年的身心特点、生活环境、社会背景进行调查，找出导致他们非行的原因，少年法官在此基础上开庭审理，采取非正式、非公开、保证非行少年的正当法律程序权利的方式进行，这个过程既有司法程序的性质，也同时保护少年不因此受到伤害。法官审理完毕，或做出不处分决定，或做出保护处分决定。保护处分有保护观察、移送儿童到自立支援设施和养护设施、移送少年院，从这些处分的内容可以看出，保护处分具有极强的保护性和福利性。保护处分的创立，基本上排除了对犯罪少年的刑罚适用，同时把违法少年和虞犯少年纳入到少年司法制度之中，因为他们与犯罪有着密切的关系，这样既达到有效保护非行少年的目的，也起到了预防犯罪的效果。
　　非行少年包括虞犯少年、违法少年和犯罪少年，少年的非行不仅有害于自己的健康成长，也有害于社会，甚至恶害于社会。对他们的保护不能仅限于福利性质的养护，应当有严厉的教育保护方法，这些严厉的教育保护方法中就有限制或剥夺非行少年自由权利的内容，人身自由是宪法所保障的权利，要予以限制或剥夺必须经由有宪法所保障其独立性和中立性的司法机关决定。所以，少年司法制度应运而生。尽管“对于少年犯罪的结果，少年法完全不同于要求以刑罚的方式承担责任的刑法，以及保障其程序的刑事诉讼法”。但是，对应少年非行的结果之一的保护处分，对于少年而言常常具有非利益性本质，因此《少年法》还具有类似刑事法之性质。