昌县成为南北植物的汇集之区，也是许多古老孑遗植物的避难场所，植物的种类十分丰富。据考察调查，遂昌县野生观赏植物资源极其丰富，有已知的非维管束植物384属804种，已知的维管束植物（蕨类、种子植物）179科684属1 569种。保护区内有伯乐树、南方红豆杉2种国家一级保护植物，有白豆杉、长叶榧、连香树、鹅掌楸等16种国家
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